В конце мая областное ГУВД на основании рапорта городского ОБЭП возбудило в отношении Маловичко уголовное дело о присвоении бюджетных средств в размере 8,5 тысячи рублей, в июне ей было предъявлено обвинение. Следователи заявляют, что правозащитница присвоила себе средства мэрии Волгограда и областной администрации, выделенные на социальные проекты. В июне Маловичко обжаловала следственные действия милиции в Ворошиловском райсуде, однако ее обращение было отклонено.
Адвокаты попытались оспорить этот отказ в Волгоградском областном суде. В своей жалобе защитники попросили судебную коллегию предоставить им документы следствия (протоколы обысков в квартире правозащитницы, акты ревизий и проверок "Клуба ЮНЕСКО", а также на отдельном закрытом судебном заседании признать незаконными все оперативно-розыскные мероприятия в отношении руководителя благотворительной организации. Но ознакомиться с материалами им не дали.
По словам адвоката Валерия Кулешева, в деле много процессуальных нарушений и несостыковок, главным из которых является тот факт, что дело было возбуждено на основании рапорта оперуполномоченного, а не по результатам финансово-хозяйственной проверки. Прокуратура назвала эти претензии необоснованными. Судебная коллегия по уголовным делам Волгоградского облсуда приняла доводы прокуратуры и отклонила жалобу Ирины Маловичко. По словам последней, в деле явно прослеживается политическая окраска, и обвинение появилось только на том основании, что организация работает с зарубежными организациями. Большая информационная компания в СМИ против "Клуба ЮНЕСКО" говорит, по мнению Маловичко, о том, что заказ политический, и не исключено, что правоохранители заговорят об экстремизме.
На защиту общественницы встали региональные и международные правозащитные организации. Уполномоченный по правам человека в Волгоградской области Михаил Таранцов сказал на одном из брифингов, что даже если есть претензии к руководителю, то почему должна страдать сама организация и ее гуманитарные проекты? Московская Хельсинкская Группа (МХГ) выступила с заявлением, в котором объявила, что "согласна с необходимостью проверок общественных организаций", но действия волгоградской милиции назвала "незаконными". В МХГ уголовное преследование Клуба ЮНЕСКО связывают с "неудачным сотрудничеством" Ирины Маловичко с УФСИН, в деятельность которого она пытались активно вмешаться.